I Riddersalen på Sønderborg Slot d. 23. december 2004 blev aftalen om en ny storkommune underskrevet af de daværende Sønderborg, Gråsten, Nordborg, Augustenborg, Broager, Sundeved og Sydals Kommuner. Fusionen fandt sted som led i Strukturreformen og trådte i kraft d. 1. januar 2007. Den nye Sønderborg Kommune havde fra begyndelsen over 76.000 indbyggere og består af 50 byer og landsbyer. Ca. 60 % af befolkningen bor i de fem største byer.
Kommunen ligger i det sydøstligste hjørne af Sønderjylland, deler grænse i vest med Aabenraa Kommune, nordøst for kommunen ligger Lillebælt og Fyn, og sydpå ligger Flensborg Fjord, der udgør overgangen til Tyskland. Kommunen er en udpræget kystkommune med en 251 km lang varieret kyst med mange fjorde og en lang, forholdsvis lige kyststrækning på det østlige Als. Her er særligt Mommark Klint interessant, da aflejringer fra hele mellemistiden Eem er synlige her som det eneste sted i landet. Det frugtbare morænelandskab og tunneldalene på det nordlige Als er dannet af is og smeltevand under sidste istid. I store søer omkranset af dødis blev vældige mængder af stenfrit issøler aflejret og dannede basis for en senere omfattende teglindustri. I dag findes stadig seks teglværker omkring Nybøl Nor. Efter istiden skyllede Littorinahavet ind over området og dannede de mange fjorde. Senere afvandede og inddæmmede man de tidligere fjordarme for at skabe mere landbrugsjord, og senere igen skabtes lavvandede søer ved de tidligere fjordarme. Et eksempel herpå er søen Oldenor, genoprettet i 1993. Friluftslivet kan udleves i Gråstenskovene, Sønderskov og Nørreskov, på badestrandene, til vands med sejlbåd og kajak, og ikke mindst er der mulighed for en lang vandretur på de gamle gendarmstier.
De første spor fra mennesker i området stammer fra senistiden (ca. 11.000- ca. 10.500 f. Kr.). Fra yngre stenalder og bronzealderen findes talrige gravhøje, og der er bl.a. fundet krigsbytte fra yngre romersk jernalder i Nydam Mose, herunder den 23 m lange klinkbyggede Nydambåd fra ca. 320. Landsbyer med stenkirker blev anlagt i tidlig middelalder, hvor også borgen Nordborg blev bygget, formentlig efter en række vendiske angreb på Als. Borgen blev i 1600-tallet hovedsæde for et lille hertugdømme, og byen Nordborg voksede ud herfra.
Omkring år 1200 grundlagdes borgen i Sønderborg – nu Sønderborg Slot – for at forsvare byen og som en del af rigets forsvar mod fjender syd for Østersøen. Under kongernes og hertugernes kampe om Sønderjylland i perioden 1200‑1400 var Sønderborg den stærkeste borg og primært i hertugernes besiddelse, men også belejret af kong Valdemar Atterdag og kong Erik af Pommern. Sønderborg Slot har fungeret som fængsel for Christian 2. og har gennem tiden undergået forandringer fra renæssanceslot til barokslot. Det har været dansk og tysk kaserne, og er i dag som museum en del af Museum Sønderjylland, som har det kulturhistoriske og arkæologiske ansvar i kommunen.
Slottet danner også rammen for det festlige optog under den årlige og traditionsrige ringriderfest, inden optoget bevæger sig gennem byen til Ringriderpladsen. Slottene i kommunen tæller også Augustenborg Slot og Gråsten Slot, der begge blev grundlag for bysamfund. Gråsten Slot blev kongelig sommerbolig fra 1935, og også her er ringriderfesten synlig, når rytterne rider ind på slotspladsen og hilser på kongefamilien. Kommunen er i det hele taget rig på historiske bygninger. Den gode jord har været grundlaget for hele 17 herregårde, og der er ikke mindre end 27 kirker i kommunen, hertil kommer Sønderborg Slotskapel. Endvidere findes der adskillige ældre præstegårde, hvoraf tre blev nomineret i en konkurrence om landets smukkeste præstegård i 2018.
I 1856 anlagdes pontonbroen Kong Frederik VII’s Bro over Als Sund fra Sønderborg til Dybbølsiden. Her findes Dybbøl Banke, som var krigsskueplads under både 1. og 2. Slesvigske Krig. Det var her, de danske stillinger blev stormet i 1864, efterfulgt af en invasion af hele Als. Kommunens område og resten af Sønderjylland blev afstået af Danmark og indgik som en del af Preussen fra 1867. Først ved Genforeningen i 1920 blev området en del af kongeriget Danmark. I 1992 indviedes Historiecenter Dybbøl Banke, der er et statsstøttet aktivitetscenter, som dokumenterer krigen i 1864.
Pontonbroen over Als Sund blev i 1930 erstattet af klapbroen Kong Christian X’s Bro, og i det hele taget blev infrastrukturen forbedret. Svineslagterier blev etableret i både Sønderborg og Gråsten, og industrien var i fremgang. Særlig godt gik det for industrivirksomheden Danfoss, der i midten af 1900-tallet nåede mange tusind ansatte og åbnede produktion ikke kun på Nordals, men også fx i Gråsten. Danfoss er stadig Sønderjyllands største arbejdsplads. I 2018 beskæftigede den internationale virksomhed og de to andre store virksomheder LINAK og Danish Crown over en tredjedel af de privatansatte i kommunen, der er landets femtestørste målt på antal ansatte i industrien. Den største offentlige arbejdsplads er Sønderborg Sygehus. Sønderborg er tilmed en kommune med en mangfoldighed af skoler – både på grundskoleniveau og i forhold til erhvervsuddannelserne. De videregående uddannelser er samlet i det nye videns- og kulturcenter Alsion i Sønderborg.
På den musikalske front findes Sønderborg Musikforening og Sønderjyllands Symfoniorkester såvel som den rytmiske musik på Sønderborghus. Sønderborg Teaterforening viser omkring 40 forestillinger, bl.a. på Sønderborg Teater og Alsion. Kommunen har over 50 medborgerhuse, forsamlingshuse og foreningshuse med mange kulturelle aktiviteter. På sportens område kan man sammen med ca. 2.000 andre tilskuere opleve SønderjyskE i Håndboldligaen i Broager Sparekasse Skansen. Efter alle aktiviteterne må det være tid til at nyde et sønderjysk kaffebord, som mindst bør bestå af 14 forskellige kager.