Athens historie i byzantinsk tid

Athen blev delvis genopbygget efter de germanske ødelæggelser, men den nye bymur dækkede herefter kun området umiddelbart nord for Akropolis. Der blev derefter bygget store kirker i basilikaform, templerne blev indrettet til kirker og dermed reddet for eftertiden: Hefaistostemplet (Hefaisteion) blev indviet til Sankt Georg, Erechtheion og Parthenon til Jomfru Maria. Olympieion blev brugt som stenbrud, og på toppen af dets søjler boede søjlehelgener.

Fra 600-tallet forfaldt Athen, formodentlig i sammenhæng med de slaviske invasioner af Det Byzantinske Rige, men fra 800-tallet fik byen et opsving, og der blev bygget talrige små kirker, hvoraf nogle endnu eksisterer: Apostelkirken på Agora, Kapnikarea fra 1000-tallet, Panagia Gorgoepikoos fra ca. 1200 (i dag kaldt Den Lille Domkirke) og Panagia Likodimu (i dag den russiske kirke). På Imittos byggedes Kesariani-klostret.

Athens betydning i denne periode understreges af, at kejser Basileios 2. i 1018 fejrede sin sejr over bulgarerne i Parthenon, Athens daværende domkirke. Men i slutningen af 1100-tallet klagede Athens biskop, Mikael Choniates, over byens forfald, over pest og over mangel på korn.

I 1204 blev Athen erobret af frankiske korsriddere, og Othon og senere nevøen Guy de la Roche blev herskere i hertugdømmet Athen, som omfattede Attika og Boiotien. Parthenon blev katolsk domkirke, og den katolske biskop boede på Akropolis, mens hertugerne residerede i Theben. I 1311 erobredes Athen af catalanske lejesoldater, som indrettede sig på Akropolis og ombyggede Propylæerne til bolig.

Konstante krige i området førte til gældsætning, og som følge heraf blev Athen i 1385 overtaget af en bankier fra Firenze, Nerio Acciaiuoli, der som hertug af Athen udfoldede stor byggeaktivitet og fik byen til at blomstre. Byen forblev i Acciaiuolifamiliens besiddelse indtil 1446, da den byzantinske kejser erobrede den tilbage, men allerede i 1456 indtog osmannerne Athen.