Molekylmekanik, empirisk metode til beregning af strukturelle data (energi, geometri osv.) for kemiske forbindelser. I molekylmekanik anvendes en klassisk mekanisk beskrivelse, idet atomerne beskrives som kugler og bindingerne som fjedre. De enkelte atomer karakteriseres ved en radius og en hårdhed, som afspejler deres placering i det periodiske system, og bindingerne med en kraftkonstant, som afspejler deres styrke.
Energien af et molekyle beregnes i forhold til en fiktiv tilstand, hvor alle vekselvirkninger mellem de enkelte atomer antager ideale værdier. Molekylets energi er således et udtryk for alle de deformationer, som findes i molekylet, og fremkommer som en sum af bidrag fra deformation af bindingslængder, deformation af bindingsvinkler osv. De enkelte atomer tildeles normalt en ladning, som afhænger af atomets type og dets placering i forhold til andre atomer i molekylet. Atomernes ladninger vekselvirker med hinanden og bidrager til molekylets energi, idet modsat ladede atomer tiltrækker hinanden, og atomer med samme ladning frastøder hinanden.
De ideale værdier for de forskellige typer vekselvirkninger er optimeret således, at molekylmekanikberegninger reproducerer eksperimentelle data eller mere avancerede beregninger bedst muligt. Molekylmekanikmetoden er en hurtig beregningsmetode og kan derfor anvendes til beregning af strukturelle data for biologiske makromolekyler (receptorer, enzymer, DNA osv.).
Kommentarer
Kommentarer til artiklen bliver synlige for alle. Undlad at skrive følsomme oplysninger, for eksempel sundhedsoplysninger. Fagansvarlig eller redaktør svarer, når de kan.
Du skal være logget ind for at kommentere.