Ferskvandslaboratoriet, Miljøstyrelsens Ferskvandslaboratorium, blev oprettet i 1976 i Silkeborg som et af Miljøstyrelsens faglige laboratorier. Ferskvandslaboratoriet markerede sig fra begyndelsen i debatten om miljøet i vandløbene og tilvejebragte det faglige grundlag for Vandløbsloven fra 1982. Senere gik laboratoriet ind i arbejdet med sømiljøet, hvor man bl.a. begyndte forsøg med biomanipulation. I 1989 overførtes laboratoriets opgaver til Danmarks Miljøundersøgelser.