Ren linje, systematisk indavlet gruppe af planter eller dyr, hvori der ikke længere er variation med hensyn til nærmere definerede egenskaber, fx blomsterfarve, øjenfarve, blodtype eller DNA-markører. Gregor Mendel anvendte rene linjer af ærter til sine krydsningsforsøg, og rene linjer er udgangspunktet for de fleste senere genetiske analyser, se gen og genetik. Kriteriet for at opnå en ren linje er syv generationers selvbestøvning for planter eller 20 generationers bror-søster-parringer for dyr.