EU-Direktoratet er en tidligere styrelse under Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri. EU-Direktoratet forestod administrationen af EU's markedsordninger på landbrugsområdet. I 2000 blev EU-direktoratet lagt sammen med Strukturdirektoratet for Landbrug og Fiskeri til direktoratet for FødevareErhverv. Efter 2011 indgår FødevareErhverv i NaturErhvervstyrelsen.